Nie brak hipotez tłumaczących ZNPM; najbardziej prawdopodobne obejmują zmiany stężeń hormonów wydzielanych przez jajniki, zaburzoną odpowiedź tkanek na prawidłowe stężenia hormonów jajnikowych, zaburzenia wydzielania endorfin i neuroprzekaźników oraz zaburzenia przemiany prostaglandyn. Można do tego dodać teorie związane z odżywianiem, w tym na temat braków pirydoksyny lub niezbędnych kwasów tłuszczowych, hipoglikemii, niskiego stężenia magnezu oraz różne teorie psychologiczne i socjologiczne. Chociaż w badaniach usiłuje się doprowadzić do tego, aby wynikały z nich ostateczne wnioski, jest bardzo prawdopodobne, że różne czynniki etiologiczne mają swój udział u różnych pacjentek, dając objawy bardzo różne u poszczególnych kobiet, a nawet różne u tej samej kobiety.
ZNPM jest prawdopodobnie wynikiem nakładania się czynników fizjologicznych, psychologicznych i społecznych na wydarzenia i okoliczności życiowe. Rozmaite przyczyny ZNPM były bardzo wyczerpująco przedstawiane w piśmiennictwie; będą one cytowane przy omawianiu postępowania w ZNPM.